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完整的 HIS 对信息的处理大体上可分为三个不同的层次：二三级医院信息集成平台数据的收集过程；数据的集中加工、处理与分析过程；决策咨询与决策支持过程。数据的收集过程与基层科室的事务处理活动相联系，数据的集中处理与分析过程与中层科室的工作任务相联系，决策、支持过程则与高层领导相联系。支持联机事务处理、支持科室级信息的汇总与分析、支持医院最高领导层对管理信息的需求。这些均是以数据库为核心，以网络为技术支撑环境，具有一定规模的计算机化的系统。HIS 主要以经营业务为主线，以提高工作质量与效率和辅助决策为主要目的，可以提高综合管理水平，反映企业全貌，增强企业竞争能力，获得更多、更好的社会、经济效益的信息系统。
对于 HIS 的建设，首先二三级医院信息集成平台应注意与外界网络的连接问题。另外还要注意编码规则的使用。
随着计算机软件技术发展，二三级医院信息集成平台大部分的软件只要遵守国际国内的编码规则，即可保证网络通畅，实现信息交换。
在系统内部按特定原则划分若干子系统（也可能在子系统之上加一层分系统），各子系统、分系统之间互有接口，可有效地进行信息交换，真正实现信息资源共享。
